ด่านศุลกากรบึงกาฬตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทยมีเนื้อที่ประมาณ 4,305 ตารางกิโลเมตร ห่างจากกรุงเทพมหานคร 675 กิโลเมตร

• ทิศเหนือติดกับแขวงบอลิคำไซ สปป.ลาว
• ทิศตะวันออกติดกับแขวงบอลิคำไซ สปป.ลาว และจังหวัดนครพนม
• ทิศใต้ติดกับจังหวัดสกลนคร
• ทิศตะวันตกติดกับสปป.ลาว และจังหวัดหนองคาย

เส้นทางการค้าจากจังหวัดบึงกาฬข้ามแม่น้ำโขงเข้าเมืองปากซัน แขวงบอลิคำไซ สาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว ไปยังเมืองวินห์ ประเทศเวียดนาม ระยะทางประมาณ 100 กิโลเมตร จากเมืองวินห์ ประเทศเวียดนามไปยังฮานอย ระยะทางประมาณ 280 กิโลเมตร